Perkembangan Universitas Narotama memunculkan keinginan masyarakat untuk dibukanya Fakultas Ilmu Komputer. Pada tahun 2001 dibuka pendaftaran untuk Progdi Sistem Informasi meski pada Progdi Sistem Komputer juga mendapatkan ijin pada tahun yang sama. Keputusan ini diambil mengingat ijin keluar pada bulan September 2001 dan agak terlambat untuk melakukan perekrutan mahasiswa baru. Pembukaan Progdi Sistem Informasi di tahun pertama mendapatkan sambutan yang cukup baik sehingga di tahun 2002 Progdi Sistem Komputer juga melakukan pendaftaran pertama bagi mahasiswa baru. Dalam perkembangannya, sampai dengan saat ini  Fakultas Ilmu Komputer mengelola 3 (tiga) program studi yaitu program studi Sistem Komputer, program studi Sistem Informasi dan program studi Teknik Informatika.

Program studi Sistem Komputer mendapatkan akreditasi B melalui SK BAN-PT No. 2998/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/V/2020 yang kemudian dilakukan reakreditasi pada tahun 2020 dengan SK BAN-PT No. 324/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2015 dan mendapatkan akreditasi Baik Sekali.